മുഖ്യധാരാ ഇടതുപക്ഷം ഡോ. എം. കുഞ്ഞാമനെ കാര്യമായി പരിഗണിച്ചില്ല എന്ന വിമർശനം അദ്ദേഹം ജീവിച്ചിരിക്കുമ്പോൾ തന്നെ ഉയർന്നു വന്നിരുന്നു. അത് കുറച്ചൊക്കെ വ്യക്തിപരവും, ദലിത് ബൗദ്ധിക മണ്ഡലത്തിൽനിന്നുമുള്ളതായിരുന്നു. കുഞ്ഞാമൻ വിടപറഞ്ഞതോടെ ഇടതുപക്ഷത്തിനെതിരായ വിമർശനം മുമ്പത്തേക്കാൾ ശക്തമായി. തീർച്ചയായും ഇത് വളരെ പ്രധാനമായിരിക്കെത്തന്നെ, അരനൂറ്റാണ്ടിനിടയിൽ കുഞ്ഞാമൻ നടത്തിയ ഇടപെടലുകൾ കേരളത്തിലെ ദലിത് ബൗദ്ധിക സമൂഹം എങ്ങനെയാണ് സ്വീകരിച്ചത് എന്ന അന്വേഷണം കാര്യമായി നടന്നിട്ടില്ല. കേരളത്തിലെ ആദിവാസി ജീവിതത്തെക്കുറിച്ചും ഭൂമിയെക്കുറിച്ചും വികസനത്തിന്റെ വൈരുദ്ധ്യങ്ങളെക്കുറിച്ചും അംബേദ്കറുടെ ജാതി ഉന്മൂലനത്തെക്കുറിച്ചും മാർക്സിന്റെ തൊഴിലാളിവർഗ കാഴ്ചപ്പാടുകളെക്കുറിച്ചും ആഗോളവത്കരണത്തെക്കുറിച്ചും മൗലികമായ നിരീക്ഷണങ്ങളാണ് കുഞ്ഞാമൻ നടത്തിയിട്ടുള്ളത്. ഏതെങ്കിലും ശുപാർശയിലൂടെയോ വ്യക്തിതാൽപര്യത്തിലൂടെയോ ലഭിക്കുന്ന സ്ഥാനമാനങ്ങളെ ഒരിക്കലും സ്വീകരിക്കാത്ത വ്യക്തി എന്ന നിലയിൽ എല്ലാക്കാലത്തും താനൊരു റിബൽ ആണെന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കാൻ അദ്ദേഹത്തിന് കഴിയുകയും ചെയ്തു.
കുഞ്ഞാമന്റെ ഉയർന്ന യോഗ്യതകൾ മനസിലാക്കിയ സർക്കാർ പല പദവികളുടെയും ചുമതല ഏറ്റെടുക്കുന്നത് സംബന്ധിച്ച് അദ്ദേഹത്തോട് സംസാരിച്ചെങ്കിലും അതൊന്നും സ്വീകരിക്കാൻ കുഞ്ഞാമൻ തയാറായിരുന്നില്ല. അതിന്റെ ഒടുവിലത്തെ ഉദാഹരണമാണ് ആത്മകഥയ്ക്ക് ലഭിച്ച കേരള സാഹിത്യ അക്കാദമി അവാർഡ് നിരസിച്ചത്. ഭരണകൂടത്തോടോ അതിന്റെ സ്ഥാപനങ്ങളോടോ ഒരു തരത്തിലും സന്ധി ചെയ്യുന്ന വ്യക്തിയായിരുന്നില്ല കുഞ്ഞാമൻ. 'എതിര്' എന്ന ആത്മകഥയിൽ ഇത് സംബന്ധിച്ച വിശദീകരണങ്ങളുണ്ട്. ഭൂമിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് കേരളത്തിൽ ഇടതുപക്ഷം നടപ്പാക്കിയ ഭൂപരിഷ്കരണ നടപടികളെയാണ് കുഞ്ഞാമൻ കൂടുതൽ എതിർത്തിട്ടുള്ളത്. പല നിയമങ്ങളും പാസാക്കിയെങ്കിലും മണ്ണിൽ അധ്വാനിക്കുന്ന ആദിവാസികൾക്കും ദലിതർക്കും എന്തുകൊണ്ട് ഭൂമി ലഭിച്ചില്ല എന്ന ചോദ്യമാണ് അദ്ദേഹമുയർത്തിയത്. ദലിത് ബുദ്ധിജീവികളുടെ ഭാഗത്തുനിന്നും ഭൂമി വിഷയത്തിൽ നിരവധി വിമർശനങ്ങൾ ഉയർന്നെങ്കിലും അതിനെ സംവാദത്തിൽ കൊണ്ടുവന്നത് കുഞ്ഞാമന്റെ ഇടപെടലുകളായിരുന്നു. താനൊരു ദലിത് ബുദ്ധിജീവിയാണെന്നോ ചിന്തകനാണെന്നോ ഒരിക്കൽപോലും ഒരിടത്തും സ്വയവും മറ്റുള്ളവർ പറയുന്നതും കേൾക്കാൻ ഇഷ്ടപ്പെടുന്ന വ്യക്തിയായിരുന്നില്ല കുഞ്ഞാമൻ. ഇത്തരത്തിലുള്ള നിലപാടുകളാണ് കുഞ്ഞാമനെ അംഗീകരിക്കാൻ അക്കാദമിക്, ദലിത് ബുദ്ധിജീവി സമൂഹം തയാറാകാതിരുന്നത്.