ആത്മീയതയും മനുഷ്യസ്വഭാവവും തമ്മിലുള്ള സംഘർഷമാണ് നെട്ടൂർ മഠം എന്ന നോവലിൻ്റെ കേന്ദ്രവിഷയം. മതാധിഷ്ഠിത ജീവിതം, ആത്മനിയന്ത്രണം, ത്യാഗ മനസ്ഥിതി എന്നീ മൂല്യങ്ങൾ ഉയർത്തിപ്പിടിക്കുമ്പോൾ മനുഷ്യന്റെ ഉള്ളിലെ വികാരങ്ങൾ അവയോട് എങ്ങനെ പ്രതികരിക്കുന്നു എന്നതാണ് നെട്ടൂർമഠത്തിൻ്റെ ഉള്ളടക്കം. അഗ്രഹാരങ്ങളിലെ വ്യത്യസ്ത ജീവിതക്കാഴ്ചകൾ ഈ നോവലിൽ വേരാഴ്ത്തി നിൽക്കുന്നു. പ്രഭാതത്തിലെ വിശുദ്ധിയുടെ പ്രതീകമായ അരിപ്പൊടിക്കോലങ്ങൾ മുതൽ മഹാപ്രഭുവിന്റെ കുതിരകൾ ഇനയ്ക്കുന്ന വഴിത്താരകളും ദേവദാസികളുടെ നിശ്വാസങ്ങളും വിധവയുടെ നെടുവീർപ്പുകളുമൊക്കെ തിങ്ങിവിങ്ങുന്ന അഗ്രഹാര അകത്തളങ്ങളുടെ അവസ്ഥയെപ്പറ്റി മലയാറ്റൂർ വലിയൊരു ക്യാൻവാസിൽ വരച്ചിടുന്ന ചിത്രംപോലെ ഈ നോവൽ സമകാലത്തോട് കഴിഞ്ഞകാലത്തെ പറ്റി സംവദിക്കുന്നു.
ദുരൈസ്വാമി ദീക്ഷിതരുടെ കാഴ്ചയിലൂടെ ശിവകാമിയുടെ ശവദാഹയാത്രയുടെ അവസാന ഭാഗമാണ് നോവലിൻ്റെ തുടക്കം. ജനനവും മരണവും കാലാനുബന്ധിയായ തുടർച്ചയാവുന്നു എന്ന പ്രപഞ്ചസത്യം ഈ കൃതി ഉദ്ഘോഷിക്കുന്നു. സ്ത്രീ മരണപ്പെടുമ്പോൾ ഒരു വീട് ഒന്നാകെ ശൂന്യമാകുന്നതു പോലെ തോന്നുമത്രെ. എന്തിലും ഏതിലും അവരുടെ തുടർച്ചകളെ കണ്ട് ബാക്കിയുള്ളവർ അസ്വസ്ഥരാകുകയും ചെയ്യുന്നു.
സർവ്വജ്ഞനായ ആത്മാവ് ജനിക്കുന്നില്ല മരിക്കുന്നുമില്ല. അത് ആരാലും സൃഷ്ടിക്കപ്പെട്ടതുമല്ല, ആരെയും സൃഷ്ടിക്കുന്നുമില്ല. അത് അനാദിയാണ്, അനന്തമാണ്, നിത്യവും അനശ്വരവുമാണ്. ശരീരം നശിച്ചാലും അത് നശിക്കുന്നില്ല. ഈ വിശ്വാസം ദൊരൈസ്വാമിയെ ജീവിതം തുടരാൻ പ്രേരിപ്പിക്കുന്നു.